Para llevar a cabo su actividad de investigación, el Cemcat consigue becas competitivas nacionales, estatales y europeas, como solicitante único o en proyectos de colaboración. El centro ha conseguido un importe acumulado en el período 2008-2015 de más de 6 millones de euros.

El Cemcat ha conseguido becas de instituciones internacionales, como la Unión Europea, y estatales, como el Fondo de Investigación Sanitaria del Instituto de Salud Carlos III, y también becas de otros organismos públicos o privados, catalanes, estatales o internacionales.