Per dur a terme la seva activitat de recerca, el Cemcat aconsegueix beques competitives nacionals, estatals i europees, com  a sol·licitant únic o en projectes de col·laboració. El centre ha aconseguit un import acumulat en el període 2008-2015 de més de 6 milions d’euros.

El Cemcat ha aconseguit beques d’institucions internacionals, com la Unió Europea, i estatals, com el Fondo de Investigación Sanitaria de l'Instituto de Salud Carlos III. També beques d’altres organismes públics o privats, catalans, estatals o internacionals.